Do Black Mesa được xây dựng trên Source, nên bản thân nó cũng có thể sửa đổi được với sự hỗ trợ cho Steam Workshop và một số dự án đã được bắt đầu để tạo ra các phiên bản mod Half-Life và mở rộng trong Black Mesa.

Xen Museum

Crowbar Collective đã phát hành bản mở rộng vào tháng 4 năm 2021 có tên là Xen Museum (tạm dịch: Bảo tàng Xen) nơi giới thiệu một bảo tàng ảo ghi lại nỗ lực trong 5 năm qua của đội ngũ phát triển trong việc tạo ra Black Mesa và chủ yếu là công việc của họ trong việc tái tạo chương Xen từ phần Half-Life gốc (1998).[45]

Uplink và Uplink Redux

Vào năm 2012, người tạo bản đồ Michael "Hezus" Jansen đã tạo ra bản mod Black Mesa: Uplink, một bản làm lại của cấp độ demo trong Half-Life, Uplink.[46] [47] Jansen đã làm việc trên bản mod trong ba năm trước khi phát hành, anh nói: "Tôi đã tái tạo lại một thứ mà mọi người đã chơi cách đây 13 năm, điều đó có nghĩa là nó đan xen với những cảm giác hoài niệm, cổ xưa."[48] Với việc chuyển đổi từ mod sang game vào năm 2015, Jansen đã quay trở lại ý tưởng và bắt tay vào việc tạo lại nó cho phiên bản Steam có nội dung mới và đồ họa cập nhật có tên Black Mesa: Uplink Redux.[49] [50] Tuy nhiên, vào năm 2019, Jansen đã tạm dừng sản xuất bản do vấn đề sức khỏe của anh.

Surface Tension Uncut và On a Rail Uncut

Trong Surface Tension Uncut, chương Surface Tension đã được mở rộng bao gồm một số khu vực nhất định của trò chơi gốc không được phát hành cùng với bản làm lại, vì nhà phát triển đã rời đi trước khi tác phẩm ấy được hoàn thành.[51] Nhà phát triển Chon Kemp, được biết đến trên cộng đồng có tên Black Mesa: Community Forums với bút danh TextFAMGUY,[52] cũng đã sửa đổi chương On a Rail để bao gồm các khu vực được cắt từ Black Mesa, làm cho lối chơi bớt tẻ nhạt và buồn chán hơn. Kemp sau đó được Crowbar Collective thuê để làm lại Surface Tension Uncut cho bản phát hành trên Steam, trong khi On a Rail Uncut đã được xuất bản trên Steam Workshop.[53]

Hazard Course

Vào ngày 29 tháng 12 năm 2015, PSR Digital đã phát hành Black Mesa: Hazazar Course, một phiên bản làm lại trong phần hướng dẫn cùng tên của Half-Life.[54] Bản mod đã được phát triển từ năm 2012 đến năm 2015 cho phiên bản mod gốc của Black Mesa vì Crowbar Collective đã không triển khai phần hướng dẫn trong trò chơi, với lý do việc sử dụng nó đã lỗi thời do hướng dẫn HUD.[55] Bản mod bao gồm một chuyến đi xe điện giới thiệu và cuộc gặp gỡ ngắn với các nhà khoa học đã gợi nhớ đến phiên bản PlayStation 2 của phần chơi.[56]

Năm 2016, PSR Digital đã đưa ra một thông báo rằng bản mod này đã bị hỏng do sự khác biệt giữa phiên bản mod và phiên bản trên Steam của Black Mesa. Với các bản sửa lỗi trong những năm tiếp theo, nhóm đã phát hành lại bản mod cho phiên bản Steam của Black Mesa vào ngày 29 tháng 12 năm 2020, kỷ niệm 5 năm ngày phát hành bản mod.

Azure Sheep

Vào năm 2018, HECU Collective thông báo rằng họ sẽ làm lại bản mod Half-Life 1: Azure Sheep, ban đầu được phát hành vào năm 2001 [57] Bản demo của mod đã có sẵn để tải xuống vào ngày 18 tháng 11 năm 2018, với Chapter 1 sẽ được phát hành vào năm 2019. Vào năm 2021, các phần tiếp theo của mod bị hoãn lại khi HECU Collective tập trung làm việc cho Black Mesa: Blue Shift.[58]

Blue Shiff

Vào ngày 16 tháng 2 năm 2021, HECU Collective thông báo rằng họ sẽ tạm nghỉ với bản mod Black Mesa: Azure Sheep và hiện đang tập trung vào bản làm lại của Half-Life: Blue Shift như đã nói ở trên.[59] [60] Không giống như một bản làm lại khác đang được tiến hành, Guard Duty - Blue Shift: Source của Tripmine Studios, bản mod sử dụng tài sản từ Black Mesa thay vì tạo ra từ đầu và phát hành theo từng chương.[61] [62] Bản mod bắt đầu được phát triển sau nỗ lực làm lại Blue Shift, trước đó, Half-Life: Blue Shift - Chapter 2: Insecurity đã bị bỏ rơi.[63] Một nửa số thành viên làm việc trên mod trong khi nửa còn lại làm việc trên Azure Sheep.[64] Chương đầu tiên trong số tám chương của trò chơi được phát hành vào ngày 16 tháng 3 năm 2021,[65] và các tác giả hiện đã phát hành chương thứ hai vào tháng 7 năm 2021.[66]